Hallo Maurice en Nicole,
Japan heeft voor ieder wat te bieden, dus jullie zullen er een mooie reis van kunnen maken!
Voor als je hem nog niet kende, dezesite biedt een schat aan reisinformatie voor Japan.
Hebben jullie al tickets en/of overnachtingen geboekt, of staat alles nog open?
Tokyo
De Senso-ji tempel en de Skytree liggen redelijk vlak bij elkaar, dus zijn prima op dezelfde dag te combineren.
Je zou deze dag ook bijvoorbeeld naar Akihabarakunnen gaan, de electronica wijk van Tokyo.
Skytree City is ook leuk om te bezoeken als je niet de toren in wilt gaan.
Een gratis alternatief is bijvoorbeeld het Metropolitan Government Building die je ook al noemt.
Deze ligt in het stadsdeel Shinjuku, wat op zich een paar haltes met de trein van het stadsdeel Shibuya ligt, en dus redelijk dicht bij de Shibuya Crossing.
Ook aardig om in deze buurt te bezoeken is de Meiji Schrijn. De Senso-ji is een grote Boeddhistische tempel, de Meji Jingu is een grote Shinto schrijn.
Kamakura is goed te doen als dagtocht uit Tokyo. Ook Nikko is als dagtocht te doen, maar je zou er ook voor kunnen kiezen om de nacht in Nikko in een traditioneel pension door te brengen, een ryokan.
Op Japanese guest houses kunnen ze je verder helpen met het vinden van een locatie en het reserveren ervan.
Fuji / Hakone
Mount Fuji zou je ook gewoon kunnen bekijken. Dat kan bijvoorbeeld bij Hakone. Dit wordt vaak gedaan als een dagtocht waarbij een bepaalde route wordt afgelegd met o.a. kabelbanen. Op deze route is ook Owakudani. Het is ook mogelijk deze te doen als dagtocht vanuit Tokyo, vanuit Shinjuku gaat een directeverbinding naar Hakone Yumoto.
Kyoto
De geishawijk Gion is leuk om te bezoeken, maar verwacht niet veel geisha’s tegen te komen. Je kunt ze spotten als ze onderweg zijn naar hun werk, maar ze lopen erg rap 
Aan tempels ga je geen gebrek krijgen in Kyoto. De Heianschrijn en de Kiyomizudera zijn zeker mooi om te bezoeken. ook de Sanjusangendois bijzonder om te zien met de 1001 beelden van de god Kannon.
Nara is heel goed te doen als een dagtocht vanuit Kyoto. Voor de cherry blossoms ben je helaas te laat, die bloeien maar een korte tijd in april. Als dat de reden was om naar Yoshino te gaan, dan kan deze komen te vervallen.
Ook de stad Osaka is goed te doen als een dagtocht vanuit Kyoto Universal studios wellicht ook, maar daar heb ik geen ervaring mee. Maar het is wellicht een idee om een aparte dag aan Osakate besteden om even wat anders te zien dan tempels 
Het Himejikasteel wordt grondig gerenoveerd, check de status voor je er naar toe gaat, het is een mooi kasteel maar het zou zonde zijn als je er niet in zou kunnen.
Een alternatief origineel kasteel zou dat van Hikonekunnen zijn.
Met de steden is er volgens mij nog wel ruimte om iets anders in jullie programma te zetten. Je geeft aan een onsen te willen bezoeken, je kunt overwegen om een overnachting in een plaats bekend om de onsen te doen. Dat kun je combineren met een overnachting in een ryokan die ook een traditioneel diner serveert.
Voor een lijst met onsen: klik.
Even afhankelijk van jullie uiteindelijke route kun je kiezen om een Japan railpas aan te schaffen. Daar kun je in de meeste JR treinen meerijden. Dit is vooral voor de grote stukken met Shinkansen uiteindelijk goedkoper dan losse kaartjes. Deze pas kun je voor 1,2 of 3 weken kopen. Bereken vooraf wat je verwacht te gaan reizen, dan kun je beslissen welke het voordeligst is voor je. Let op, de pas kan alleen buiten Japan gekocht worden!
Voor reizen in Tokyo is zo’n pas onvoordelig (is o.a. ook niet geschikt voor de metro). Maar daar kunnen overal losse kaartjes worden gekocht, of je kunt overwegen een chipkaart aan te schaffen. Ik vind het systeem daar vele malen gebruiksvriendelijker dan in Nederland. Bovendien staan op alle stations wel personeelsleden die je kunnen helpen.
Als je het land via Narita binnenkomt kun je bijvoorbeeld voor gereduceerd tarief een kaartje kopen voor de Ne’x trein naar Tokyo.
Het is een heel verhaal geworden, ik hoop dat ik julllie een beetje verder heb geholpen.
Veel plezier met plannen, en laat het gerust weten als er verdere vragen zijn!
Rebecca